Séquence peptidique
La chaîne ordonnée de résidus d'acides aminés qui définit un peptide — l'identité réelle du composé, dont découlent sa formule, sa masse et son comportement.
Un peptide est une chaîne d'acides aminés reliés par des liaisons amide, et sa séquence — quels résidus, dans quel ordre — en est la définition. Deux peptides comportant les mêmes résidus dans un ordre différent sont des composés différents aux propriétés différentes. La séquence est ce qu'un nom tel qu'un code à cinq lettres abrège, et elle constitue l'entrée à partir de laquelle le poids moléculaire et la formule théoriques sont calculés.
La séquence détermine également les propriétés importantes en aval : combien de résidus basiques sont présents, et donc quelle quantité de contre-ion la forme saline transporte ; à quelles voies de dégradation la molécule est sujette ; et quelle masse un contrôle d'identité devrait observer. Lorsqu'un certificat compare la masse observée à la masse théorique, le côté théorique est calculé à partir de la séquence.
Les résidus modifiés compliquent la nomenclature mais pas le principe. De nombreux peptides de recherche comportent des modifications — acétylation, amidation, résidus inhabituels, chaînes latérales d'acides gras — et la séquence modifiée, et non la séquence parentale, constitue l'identité du composé. C'est l'une des raisons pour lesquelles les identifiants de registre importent : deux produits vendus sous un même nom commercial peuvent différer par leur modification, et seule l'identité au niveau de la séquence, vérifiée par la masse, les distingue.
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